ข้อได้เปรียบและเสียเปรียบระหว่างสายพันธุ์พืชที่ได้รับการปรับปรุงตามวิธีการดั้งเดิม (traditional cross breeding) กับสายพันธุ์พืชดัดแปลงพันธุกรรมที่ได้จากการตัดต่อยีนโดยเทคโนโลยีชีวภาพ และพันธุวิศวกรรมที่สำคัญ คือ พันธุ์พืชที่ได้รับการปรับปรุงตามวิธีการดั้งเดิมมีข้อจำกัดอยู่เฉพาะในพืชชนิดเดียวกันเท่านั้น ถ้าต้องการผสมผสานพันธุกรรมที่ต้องการจากพืชต่างชนิดกันก็ทำได้ยาก หรือเป็นไปไม่ได้เลยเนื่องจากความแตกต่างกันทางสมบัติด้านชีวภาพและทางด้านการสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศรวมทั้งความไม่สมพงศ์กันทางด้านพันธุกรรม (genetic incompatibility) ระหว่างพืชต่างชนิดกัน แต่ในกรณีของการสร้างสายพันธุ์พืชดัดแปลงพันธุกรรมนั้นสามารถที่จะนำยีนที่ต้องการจากสิ่งมีชีวิตต่างชนิด ต่างสกุล ต่างวงศ์ หรือแม้กระทั่งต่างอาณาจักรกัน ให้เข้ามาสอดแทรกอยู่ด้วยกันในจีโนมพืชเป้าหมายได้ โดยอาศัยกรรมวิธีทางพันธุวิศวกรรมเพื่อทำให้พืชดัดแปลงพันธุกรรมเหล่านั้นมีความต้านทานต่อพวกแมลงศัตรูพืชหรือดื้อต่อยาฆ่าวัชพืชทำให้ได้ผลผลิตสูงขึ้นอย่างมีประสิทธิภาพ